سید علی خمینی کوچکترین فرزند سید احمد خمینی و داماد آیت الله سید جواد شهرستانی است که خود ایشان نیز داماد آیت‌الله سیستانی، از مراجع تقلید شیعه‌است. عمده سرشناسی وی به دلیل وجود تصویری از وی با حضرت امام خمینی ( ره ) در اواخر عمر او است.

وی متولد سال ۱۳۶۴ و روحانی بوده و در حوزهٔ علمیهٔ قم مشغول تحصیل و تدریس است. وی اگرچه برای مناسبت‌های گوناگون در نقاط مختلف کشور سخنرانی می‌کند اما کمتر از برادرانش به مسایل سیاسی داخل می‌شود. عمده سرشناسی وی به دلیل وجود تصویری از ایشان با امام خمینی ( ره ) در اواخر عمر و علاقهٔ وافر بنیانگذار جمهوری اسلامی به اوست به حدی که در نامه‌ای در مورد سید علی نوشته: در صورت او نور و نور علی نور می‌بینم<صحیفهٔ امام جلد ۲۱ اهدای صحیفهٔ سجادیه به سید علی خمینی.

برخی خبرگزاری‌ها گزارش داده بود که علی خمینی حضور در تظاهرات حامیان حکومت جمهوری اسلامی در ۹ دی ۱۳۸۸ اعلام حمایت خود از حکومت جمهوری اسلامی ایران را اعلام کرده بود. همچنین در مراسم بزرگداشت این روز در ۹ دی ۱۳۸۹ با حضور مردم در مهدیه تهران انجام شده بود، از اعلام مواضع وی تقدیر شده و از وی به عنوان یادگار واقعی امام خمینی یاد شد. اما دفتر امام خمینی حضور او در مراسمی در تهران در روز ۹ دی ۱۳۸۹ را تکذیب کرده‌است. و اعلام کرد:«جناب آقای سید علی خمینی روز پنج شنبه نهم دی ماه ۱۳۸۹ در شهر مقدس قم بوده‌اند و مصاحبه‌ای نیز با هیچ یک از رسانه‌های خبری نداشته‌اند».

عکس‌نوشت ابطحي از علي کوچولوي امام‌

محمدعلي ابطحي در وب‌نوشت خود نوشت:

به مناسبت ايام سالگرد امام‌خميني خاطره‌اي از نوه‌ي کوچک امام را عکس‌نوشت مي‌کنم.

فکر مي‌کنم سال ۶۵ يا ۶۶ بود. مدير راديو يودم. گاهي مي‌رفتيم دفتر امام. احمد آقاي خميني دفتري بالاي سر محل ملاقات‌هاي خصوصي امام داشت. نمي‌دانم چرا به آن مي‌گفتند اتاق 12. الان هم دفتر حسن آقاي خميني است. عکس زير در يک قاب کوچک در آن اتاق بود.

احمد آقا مي‌گفت، اين عکس «علي» ما است. همسرم آن را گرفته است. براي ما خيلي جالب بود. بعدها مرتب مي‌شنيديم که تنها مونس امام علي‌کوچولو است. خانم فاطمه طباطبايي در کتابي که با نام «يک ساغر از هزار» نوشته، خاطرات فراواني از علاقه امام به علي نقل مي‌کند.

بعدها آن عکس علي که مادرش گرفته بود، منتشر شد. آن موقع سريالي به نام علي کوچولو هم از تلويزيون پخش مي‌شد. خيلي‌ها مي‌گفتند به خاطر علي نوه امام اين اسم را روي آن سريال گذاشته‌اند. ديروز از علي آقاي خميني پرسيدم. مي‌گفت که من اصلاً آن مطلب را نشنيده بودم.

علي متولد سال ۶۴ در سال ۷۹ به قم رفت و در کنار برادرش حسن آقا و آقا ياسر مشغول تحصيل علوم ديني شد.

بعدها معمم شد. شبي که مراسم عمامه‌گذاري‌اش بود من در سفر بودم. خيلي دلم سوخت که نتوانستم دعوت علي آقا را اجابت کنم.

اکنون هم آماده ازدواج است. نوه آيت‌الله سيستاني و دختر آقاي شهرستاني داماد و نماينده فعال و هوشمند آقاي سيستاني را عقد کرده است. اين يک رسم ديرين مراجع و بزرگان حوزه‌ها هست که از قديم و نديم فرزندانشان با يکديگر ازدواج مي‌کرده‌اند. ربطي به انقلاب و حکومت ندارد.

امام‌خميني زير عکس علي مطالب زيادي نوشته‌اند. از خود علي آقا پرسيدم، متواضعانه مي‌گفت: کمي تعريف کرده‌اند ولي ظاهراْ خيلي بيشتر از اين حرفهاست و آينده خوبي براي او پيش‌بيني کرده‌اند.

علی کوچولو امام خمینی(ره)داماد آیت الله سیستانی شد